雖然何皇后照舊當她的皇后，可是董太后卻不放心了。忙把劉協要過來親自扶養，生怕母亡后子又被宮中暗害。為了掩人耳目保證這個不幸的孤兒的生存安全，便隱去了真實姓名，而是對人說這個孩子是董家的子孫，讓人們稱他為“董侯”，因而宮中只知有“董侯”而不知有劉協這么一個皇子，因此劉協總算平安長大。到了9歲時父親靈帝又去世，好在還有一個奶奶董太后，否則劉協就更慘了，只何皇后一個便早要了他的小命。太后畢竟是婆母，何皇后并不敢去太后宮中撒野為惡。
政治命運
政治命運:一個一生連做壞事的權力和機會都沒有的皇帝 ——登基便被專政，先后歷董卓、王允、李傕專政；先被強遷長安成為軍閥爭來奪去的“戰利品”，后東歸洛陽如喪家之犬衣食無著夙夜潛逃被一路追殺劫奪，天子尊嚴蕩然無存
漢獻帝深受人們的同情，與他一生坎坷的政治命運有關。
漢靈帝一去世，何皇后與其兄大將軍何進馬上策立17歲的皇子劉辯為皇帝，封皇弟劉協為勃海王，不久又改封為陳留王。這些都不違祖制，都屬正常。問題出在這少帝劉辯雖已17歲，可是升為太后的何皇后還是要效仿前朝故事，非要臨朝聽政，并與家兄大將軍何進一家把持朝政。這又導致了宮亂，出現后黨、宦黨、朝臣的交相黨爭。宦官和朝臣多反對后黨，何進尤受閹宦威脅，于是便招引外兵入朝干政。董卓乘機入朝專政，廢了少帝劉辯為弘農王，后來又殘忍地把他毒死，而立劉協為帝。這年劉協才不過9歲。
由于董卓專政，擅行廢立，濫殺無辜、禍害后宮、凌辱王室；他帶來的涼州羌胡兵又肆意踐踏荼毒京師，無論官民皆深受其害，惹得天下洶洶，便有關東群雄討董卓的大戰發生。公元190年各路討伐軍會盟于洛陽附近的孟津，推袁紹為盟主，但無人敢先與董卓開戰。于是董卓一面火燒洛陽200里，強行遷都把漢獻帝送到長安；一面在洛陽迎戰各路討伐大軍。盡管各路討伐軍兵眾達十數萬人，但烏合之眾，大約只有一年多的時間就被董卓粉碎。與其如此說還不如說是這些大小軍閥們各自作鳥獸散。因為大概只有三路討伐軍與董卓交過戰，其余十幾路討伐軍根本就不戰而走。一來怕董卓，二來各自保存實力而已。
最先開戰的是曹操，獨自一軍只有幾千人，在洛陽西部的滎陽與董卓部將徐榮血戰一天，被打得大敗幾乎全軍覆滅，身受箭傷的曹操乘夜逃走遇阻于河。虧得曹洪尋找到一條破船，才得以脫身。第二個開戰的是洛陽北部的河內太守王匡的討伐部隊，但在河南平縣附近小平津黃河渡口北岸被董卓派兵擊破，全軍覆滅。第三支隊伍是從洛陽南部單獨進攻的長沙太守孫堅，初戰也被徐榮打敗。逃到河南汝陽一帶整頓殘部充實軍備，大破前來追剿的董卓所派的中郎將胡軫；之后又大破董卓的干兒子呂布，攻下了廢都洛陽。董卓嚇得跑回了長安，只留下部將們沿途布防。可是這時袁紹卻派人襲擊孫堅的后路。孫堅只能長嘆而歸。轟轟烈烈的討伐運動就這樣結束了。興師動眾，傳檄之下，十幾萬大軍打不過董卓，并沒有把漢獻帝解救出來，漢獻帝仍在董卓手中。
公元192年，漢朝司徒王允收買了呂布，謀殺了董卓，全長安城都喝酒放鞭炮祝賀，酒店為之一空，就如我國上個世紀“四人幫”垮臺一樣。這固然是一件好事，但對于漢獻帝而言，卻令他陷入了更大的災難之中。
董卓死后，王允、呂布把持朝政，這是二人聯合專政時期，漢獻帝仍是傀儡。由于王允、呂布都是并州人，董卓留在洛陽的部將李傕、郭汜就把軍中的數百名并州籍的男女盡數殺光。但屯駐在陜縣的涼州兵牛輔一部內亂，牛輔被部下殺死，部眾四散無歸。李傕等人害怕生亂便派人到長安請求赦免。但王允無視董卓扔在洛陽的西涼兵眾。這些羌胡兵被董卓的討虜校尉賈詡說動:與其坐以待斃，不如舍死一搏，沒準能奪取朝了政。西涼兵在李傕、郭汜的統率下向西殺奔長安為董卓報仇，部眾聚嘯達10余萬人，到了長安城下，又與董卓另一部將樊稠所率領的涼州兵會合，聲勢大振，只用了10余天便攻破長安。呂布逃走，王允被殺，漢獻帝又成了孤家寡人被丟在長安。李、郭二將把持朝政后，那個小小的校尉賈詡當上了尚書，真的把持了朝政，以朝廷名義開始號令天下了，而仍把漢獻帝當成傀儡。這是李、郭、樊三人專政時期，以賈為謀主。但這賈詡自知李、郭兩個西涼兵痞絕不足以成大事，便向獻帝獻殷勤。李、郭二將幾次想謀害獻帝，都被賈詡化解了。漢獻帝對賈詡是感恩戴德不已。但后來他又投奔了張繡、曹操，成為曹魏的大臣。獻帝在長安由三人專政達6年之久。