根據考古實證，李毓芳得出結論：阿房宮前殿遺址，就是兩千多年以前秦始皇想要修建的阿房宮遺址。阿房宮沒建成，在土臺子上沒有發現火燒的痕跡——紅燒土。項羽火燒的是咸陽宮，而不是阿房宮。
說項羽沒有燒阿房宮，不僅在百姓中反響強烈，在考古界也引起震動。之后全國文物工作會議在廣州舉行。當時有兩個專家說沒發現火燒痕跡，是因為農民平整土地時，把紅燒土給拉跑了。有人說了這樣的話，李毓芳睡不著覺了，血壓也升高了。
她說，因為他們是長輩，我尊重他們，但他們脫離考古一線時間太長了，離實踐太遠，說出來的話不合乎常理。我尊重長輩但絕不迷信權威。我不怕你是誰，真理只有一個。
她所面臨的壓力和困難遠不止這些。比如，西安以前曾搞過一次阿房宮遺址考古，他們得出的結論是10.84平方公里。李毓芳得出的結論是2.4平方公里。她寫出阿房宮考古報告報上去了。當地有的領導看到了，說這阿房宮考古，怎么把阿房宮給搞沒了？下面的工作人員迫于壓力，建議李老師能不能“修改”一下？她把考古報告發給考古網，只提了一個要求：一個字也別改。結果，只改了倆標點，全文發表。
這就是李毓芳的性格。
在有些人看來，這可能有點兒“不近人情”。但她唯一忠誠的就是科學，是真理。
她在臺灣輔仁大學講座時，有個學生提問：您考古得出這個結論，得到誰承認了？她說我不管誰承認，我只知道我是通過調查、鉆探、考古，實事求是得出的結論。至于改不改歷史教科書，那不是我管的事。
讓她深感欣慰的是，中國社科院歷史所編輯出版的最新歷史書《中國通史讀本》已經采用關于阿房宮沒建成、沒被燒的結論。國家文物局已經通過了“關于阿房宮遺址的保護規劃”。確定了遺址范圍，才能確定保護范圍嘛。這等于國家正式承認了她的考古成果。正在規劃建設的阿房宮遺址公園，僅土臺子上面的拆遷就涉及4個村子，臺子外邊還有呢，這是個不小的工程。“人造景觀”被拆除理所當然，能夠還阿房宮本來面目，我們覺得，多年的付出，值了!
關于阿房宮的讀音
記者：我們上中學或讀古典文學的時候，老師教的發音是阿(e)房宮，您為何主張讀阿(a)房宮？
李毓芳：陜西是塊神奇的土地，不僅地下文物遺存豐富，而且，在民間也是保留中國古代文化比較多的地方，當地人說話，秦調秦腔，保留了很多古漢語的讀音和語法習慣。比如，站直了，他們叫“站端”；快跑，他們叫“跑快”；環城路叫“繞城路”……
在阿房宮遺址東北邊一公里的地方，有一個村子叫阿房宮村，這是在宋代以后出現的村子，當地人的發音叫阿（a）房宮村，簡稱阿房村，不說阿（e）房村。而且，旁、方、房，在西周和春秋戰國時期，是一個讀音，屬同音字。我想，這種民間口頭語言的世代相傳，是有根有據的，顯示了古代漢語讀音的生命力，應該入鄉隨俗，跟著陜西的農民叫阿（a）房宮。所以，我一直叫阿（a）房宮。至于讀者采用哪種讀音，自便吧。我只是說出自己的見解，這是我的責任和義務。
為什么說阿房宮沒建成
記者：您得出阿房宮沒建成的結論，有充分的考古實證，但我想請您用通俗的語言，告訴讀者為什么說阿房宮沒建成？
李毓芳：先給讀者普及一點兒考古知識吧。古代建房子跟現在不一樣，現在是先圍一圈兒墻，在墻里蓋房子。但是在戰國、秦朝是先建主殿，然后再建配殿、宮城，最后再建整個大城。秦始皇為什么要建阿房宮？當時他嫌咸陽城太擠、太小，要在“渭河以南上林苑”建阿房宮。為什么選這兒？上林苑在戰國時期就是國家公園呀，面積非常大，后來漢武帝又給擴大了，有2000平方公里，風景也優美。在阿房宮沒有修建以前，渭河以南整個一大片地方已經有了很多建筑，這些建筑是上林苑的一部分。秦始皇在上林苑里面找了一個高地，向西南發展，欲建阿房宮。