在曹文宣看來，目前實施的禁漁補貼存在很多問題，“很多是冒領的，辦一個捕撈證，就去領補貼。還有的去搞一條船，根本不撈魚，就拿幾十萬補貼。”曹文宣算了一筆賬，全江禁漁10年，不但魚類物種資源保護下來，還可以大量減少涉漁開支，“每年休漁三個月漁民的生活補貼2000萬元，人工放流資金僅2010年就約2.5億元，漁船油費補貼1.45億元，禁漁10年共計可節約41.5億元。”
“‘南水北調’工程，丹江口水庫的水位要從157米抬高到170米，抬高13米，就移民了18萬人。現在，全江的漁民加起來還不到15萬人，你為什么不能解決？”曹文宣說。
對話院士曹文宣：長江生物多樣性喪失的速度加快
東方早報：您如何看待長江漁業資源的現狀？
曹文宣：長江漁業資源正在逐漸衰退，已經到了最危險的時候。
長江水系現有魚類400多種，淡水魚類有350種，其中特有種類就有156種之多。隨著人類活動的增加，不但天然捕撈產量急劇下降，生物多樣性喪失的速度也在加快。
著名的“長江三鮮”(鰣魚、刀魚、河豚)，鰣魚已經絕跡，刀魚瀕臨滅絕，野生的河豚也已經不見蹤跡。
還有，白鱘自2003年以后再也沒看見過了。像鯮魚，可以長到100多斤的，從上世紀80年代開始就很少再見到了。
你看市場上賣的魚，基本上都是“小魚”(長不大的小型魚和長得大的魚的幼魚)。像是要長幾十斤的草魚，長到幾兩重就被捕上來賣了。
你再看捕撈產量，2008年湖北是30萬噸，2009年是26萬噸；湖南2008年是16萬噸，2009年是11萬噸，2010年僅有9.6萬噸……只有江西2010年比2009年增加了4.5萬噸，原因是捕撈了許多幼魚。
東方早報：長江漁業資源逐漸衰退的主因是什么？
曹文宣：我認為酷魚濫捕是最主要的原因。漁業法規定：禁止使用炸魚、毒魚、電魚等破壞漁業資源的方法進行捕撈。禁止制造、銷售、使用禁用漁具。禁止在禁漁區、禁漁期進行捕撈。禁止使用小于最小網目尺寸的網具進行捕撈。捕撈的魚中，幼魚不得超過規定的比例(5%)。
這些年我們在洞庭湖，發現很多都是迷魂陣，網很密，把大魚的幼崽一網打盡。
還有工業和城市污染，大量的污水超標排放，導致許多死魚事件。每年長江沿岸向長江排放的污水相當于黃河的總量。
另外長江中下游的支流、湖泊上興建的一些堤壩、閘口，阻止了江湖之間的自由交流，江湖阻隔使得魚類失去索餌場、繁殖場和育肥場，改變了湖泊的濕地屬性，濕地面積和質量大為下降。還有圍湖造田、農業的污染等，都是原因。
東方早報：大家還關注長江水電開發對漁業資源的影響。
曹文宣：魚類資源有兩個方面的屬性，一個是物種，一個是漁業。水利工程主要是對長江魚類的物種資源屬性造成影響。特別是長江上游的特有種類很多，它們適應激流環境。你一批一批地建水電站，搞梯級開發，把激流變成靜水，它就沒辦法繼續生存。
像貝式哲羅鮭，最先在都江堰發現的，現在岷江已經沒有了，僅僅在大渡河的頂上有一些。但是那里現在又要修電站，進行梯級開發。我們有過研究，光是受三峽大壩影響的特有魚類，就有60多種。
東方早報：您怎么評價“長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區”的調整？對漁業資源有影響嗎？
曹文宣：當然。如果當初保護區不調整，就建不了向家壩、溪洛渡水電工程，很多魚類的產卵場就不會消失。后來，又對保護區進行了二次調整，就是為重慶的小南海水電站讓路。
我一直講，小南海是保護區和三峽水庫之間的魚類完成生活史過程必須經過的生態通道，必須保持暢通無阻。現在小南海還建不建，我也不知道。不過，他們準備要建，所以要搞一個“魚道”，叫“仿自然通道”，但是，它的流程太短，就像一條小河。現在還不能說效果會怎么樣。