航班計劃由航空公司上報給空管和機場，遇有調整再行通知。簡單來說，飛機在天上歸空管局管，在地上由機場管。空管局負責流量控制、起降順序等，而作為機場“大腦”的AOC與空管對接，安排登機口等前后程序，同時將信息傳達到機務、地服、安保等其他部門。
為了將前一天滯留的旅客盡快疏散，長水機場4日的計劃航班，達到史無前例的940架次——而機場的保障能力為700架次。
云南空管首先協調空軍暫停訓練飛行，釋放空域。一個被廣泛傳播的數字是，中國可用空域僅有大約20%歸民航使用，其余歸軍航使用。經協調后，以機場為中心、方圓120公里空域范圍的可利用率，從近5成提高到9成多。
7時，云南空管局解除警報，8時過，第一架航班起飛，之后全天適航。
飛機源源不斷地飛來。據機場AOC數據顯示，其中一個時段同時飛回昆明的飛機多達96架，遠超過民航批復的長水機場每小時52架次的高峰流量限制，中午高峰時段，同時等待降落的飛機就有30多架次，往常最多時只有七八架。
飛機實在是太多了。麻煩也隨之而來。
云南空管局很快發現，他們與航空公司、機場的信息共享出了問題。按照規定，航班如有時間、機型、機組等20項信息變更，航空公司需要發送電報供提取處理，但有一次，飛機已經推遲落地了，空管方面還沒有收到變更電。
“空管的最大壓力是停機位預警。”民航云南空管分局副局長雷貴生說道。機場里的停機位快滿了，空管卻沒有接到通知，飛來的都是補班飛機，不好另換機場備降，反復請示后，終于讓這些飛機停到空余滑行道上，不關發動機，只要一有停機位空出，就立刻補進。空管分局也和機場“發了脾氣”：停機位只剩三成時，必須迅速通報！
偶爾，機場AOC也聯系不上航空公司。下午1點，工作人員打電話給一個駐場航空公司柜臺索要變更計劃，對方接起來說：“我是旅客，柜臺被我們占領了！”
東航云南公司副總經理馬毅甚至去停機坪上找過自家飛機——登機前，旅客們突然發現飛機目的地與機票不符，而那架本該乘坐的飛機不知道去了哪里。
正常情況下，各家航空公司的登機口相對固定，然而1月4日無法維持這個傳統——當天有120架飛機調整了登機口。
航班時間、機位、登機口調整信息，本應由機場AOC在后臺更新后共享到航站區其他部門，然后通知到一線員工和乘客。然而，在龔強和陳晶印象中，從4日上午起，候機樓里的航班實時信息顯示牌便不再更新了。
“這系統有個毛病，需要調度部門不斷刷新，顯示屏才會變，廣播才會響。”長水機場AOC副部長楊勁毅說。然而1月4日這天，共有140多個航班在登機口都沒有刷新記錄。究其原因，有的是工作人員被圍，有的是刷新慢、直接死機。一份機場現場工作組總結報告還指出，目前航班查詢系統可能存在一些缺陷，如“航班取消之后，相應航班信息就消失了，而不是在相應航班信息后注明‘取消’”。
此外，因航空公司與機場就費用問題尚未談攏，登機口只有離港登記系統，而沒有航班信息查詢系統，也沒有安裝內部電話，一線工作人員想要知道實時航班信息，唯一的辦法是通過對講機、或打手機向調度室查詢。
設想一下，68個登機口的工作人員，全部向調度部門打電話查詢狀態。“對講機很難插進去講話；手機信號不好，AOC、調度室的電話很難打得通；現場工作人員的手機很快就沒有電了……”上述工作報告這樣描述當天的狀態。
高科技的廣播設備，在這種狀況下也起了反作用。長水采用的是區域定向廣播，音量柔和，通常只有一兩個登機口能聽到。這本是吸取巫家壩機場的經驗——后者是全場廣播，每條信息排隊播放，有時航班登完機了，廣播才開始響。