據長春市文物志等文獻記載，日本關東軍第100部隊于1939年建成。這支部隊名義上以動物防疫等為主要職能，實際上則是一個“細菌武器工廠”，專門用于培訓從事細菌戰的人員，為日軍進行細菌戰服務。
當時，100部隊擁有大約600至800名工作人員，包括細菌專家、化學專家、獸醫專家等。為了掩人耳目，該部隊對外稱為“關東軍馬匹防疫部”，“100部隊”只是為了掩飾其從事秘密活動的代稱。
在這個看似普通的院落周圍，曾經占地十多萬平方米，有著非常壯觀的地上和地下建筑設施。據文獻記載，100部隊的營區曾經有數十幢樓房，每幢建筑之間相隔二三十米。建筑包括地上和地下兩部分，地下室和一樓都是實驗室，其中還有實驗室與囚室相連。
除了辦公場所和實驗場所外，100部隊里還有大量牲畜飼養場，里面養著大到馬匹、小到老鼠等實驗動物。
100部隊舊址內多棟巨大的棚舍如今已經蹤跡皆無。據了解，這些非常壯觀的棚舍內曾飼養大量用于實驗的馬、牛、羊、鼠等動物。據研究人員推算，當時每年可能有萬余匹馬以及數萬只各類動物等用于實驗，其中不少動物為日軍掠奪而來。
遺址曾挖出巨大尸坑
歷史研究專家表示，100部隊當時的任務與731部隊基本相同，主要從事細菌武器的研制工作，并培養大批細菌專業人員。100部隊主要側重于研究用細菌污染牧場、水池等場所，在牲畜間制造傳染疫病，同時也研制人畜并用的細菌武器，這其中包括鼻疽菌、牛瘟菌、鼠疫等。
據檔案資料顯示，100部隊利用老鼠進行細菌戰的各項實驗，用狗培植狂犬病菌，用馬研究炭疽和鼻疽，用牛羊豬分別制造牛瘟、羊瘟和豬瘟，用鴿子進行病菌傳染……然后瘋狂地將這些病菌投放到無辜的居民區，對受害地區人民的生命財產造成了無法估量的傷害和損失。