為實現全新的課程體系，昆山杜克的機構組成也有特色：建立學校理事會、學術委員會、顧問委員會、行政體系等扁平化管理架構。
“這里沒有學院，只有一個個中心！我們突破了當前大學傳統的面向學科、專業和職業的院系學術構建，直接以面向需求、問題和未來的思維建立跨學科、跨領域、跨行業的協同研究中心，實行人才培養、科學研究、社會服務和文化傳承與創新緊密結合的教學模式。”主政武漢大學多年后，昆山杜克大學校長劉經南希望在昆山杜克實現新的教育夢。
為此，劉經南甚至在開學典禮上鼓勵學生“質疑校長”：“大學，拉丁文的本意就是學術共同體，即教師、學者和學生的共同體。在昆山杜克，追求學術純潔和真實是共同的價值理念，我們需要被質疑、被檢驗，以推動知識進步。因此，鼓勵學生質疑教師、學校和校長。”
在這所新大學，“追逐古老學術之傳統”被創校者反復提及，以至于開學典禮上出現了一個特殊環節：每一名學生都被邀走上演講臺，在巨大的“社區道德守則”上簽字。這由杜克大學演變而來，大學被視作一個多文化社區。而在短短數行的道德守則上有這樣一段話：“我承諾不在我的學術活動中撒謊、作弊或剽竊，我承諾維持自身品行的端正，我承諾在發現相應違反社區準則的時候采取相應標準……”
“我們談創新和改變，但學術正直、合乎道德是至關重要的……”常務副校長瑪麗·布洛克在致辭中強調了對真理的追求、道德標準及以知識服務社會的理念。 本報記者 唐聞佳