但這本書的“結論”很快就被推翻了。日本戰史研究家板倉由明經過細心比對，發現田中正明整理出版的這本書，與《陣中日志》原稿有至少600多處刪改，是一部“偽作”。“否定派”造假出丑，其論調受到強烈沖擊和更多質疑。
但就在“否定派”陣腳不穩之時，“肯定派”內部也出現了分裂：一派堅持屠殺人數在十萬人級以上，也就是“大屠殺派”，另一派則相信屠殺人數只在萬人級別，甚至是千人級，即所謂“屠殺少數派”。“百人斬”論戰中的記者本多勝一、史學家洞富雄屬于前一派，他們結成“南京事件調查研究會”；板倉由明、秦郁彥則屬于后一派，他們與舊陸軍人員組成的偕行社展開合作，征集南京大屠殺的證人證詞。
1989年，“屠殺少數派”出版了《南京戰史》一書，第一次刊載了偕行社收集的證人證詞，承認至少有1.6萬名俘虜在南京被集體屠殺。比起中國方面認定的遇難人數30萬，這只是一個小數目，但“大屠殺派”主要代表、日本都留文科大學教授笠原十九司表示：南京大屠殺“有”還是“沒有”的論戰，是時候畫上句號了。
換句話說，如果此時此刻還有人要否定南京大屠殺，那要么是讀書太少，要么就是動機不純了。
既然南京大屠殺毋庸否認，那接下來日本國內的主要爭論焦點，就集中在屠殺遇難者準確人數上了。承認南京大屠殺發生過的日本“肯定派”內部，“大屠殺派”認為死難人數在“10萬級別，20萬以內”，“屠殺少數派”的史學家秦郁彥提出“4萬上限”的觀點，最保守的板倉由明則認為在“2萬以下”。
因為遇難人數的估計與“30萬”有或多或少的出入，中國國內輿論往往將日方的“肯定派”成員，與態度死硬的“否定派”放在一起強烈批判。
《南京暴行》風波再起
1997年，記者出身的美籍華裔女作家張純如寫成《The Rape of Nanking：The Forgotten Holocaust of World War II》（《南京暴行：二戰中被遺忘的浩劫》）一書。書的副標題特地用了“Holocaust”（大屠殺、浩劫）一詞，在英語世界里，這個詞馬上會讓人聯想起二戰中納粹德國對猶太人的種族屠殺。
很明顯，張純如不僅將論戰從中日兩國擴大到國際范疇，也把這場屠殺從民族矛盾上升到了人類慘劇的層面。