順治十四年、十五年之交，順治下令廢除清帝(后金汗)于元旦親詣堂子行禮的滿洲舊制；命將包括太廟牌匾在內所有壇廟門上匾額，停書蒙古字，只書滿字和漢字；擬對來朝蒙古王公減少賞賜。這些舉措對滿蒙關系產生了影響，也使孝莊等老一輩滿蒙貴族的自尊心受到嚴重傷害。同時，也為皇貴妃董鄂氏同以蒙古族后妃為中堅的后宮成員相處進一步制造了障礙。
在孝莊母子的矛盾中，被動卷入的董鄂妃率先成為犧牲品。她采取種種委曲求全的做法，甚至以損害自己的健康為代價，但仍難以換得孝莊等人的理解，無法改變自己在后宮的尷尬處境，更無法緩和皇帝與皇太后的利益之爭。十五年正月，董鄂妃之子卒。十七年八月，董鄂妃病逝(追封皇后)。順治為此痛不欲生，一度竟有出家之念。十八年正月，他出天花病逝。臨終前，同意孝莊等人主張，以年僅8歲的第三子玄燁為繼承人，是為康熙帝。
順治死后，清廷公布的遺詔歷數其14條重大失誤，如“紀綱法度、用人行政，不能仰法太祖、太宗謨烈”；“漸習漢俗，于淳樸舊制日有更張”等等。順治去世前染患痘疹，高燒不退，精神恍惚。這些自責之辭不可能是他本人所言，而是體現出孝莊等人對他的評價。一位死去的皇帝受到如此評價，而且主要出自其生母之意，此亦為中國歷代封建王朝所僅見。
早婚早育子女多早夭
順治病逝時，不滿23周歲，以壽命論，在清朝十二帝中排在倒數第二位，僅居同治帝(19歲病逝)之上。可是，他有后妃32人，人數之多在清帝中居第三位，僅次于在位61年、享年69歲的康熙帝(后妃55人)和在位60年、享年89歲的乾隆帝(后妃41人)。
順治從大婚到去世，計9年零5個月。在此期間，先后與妻妾生育皇女6人，皇子8人。此外，還有養女3人。清朝皇子平均壽命32.60歲。順治皇子的平均壽命25.75歲。8位皇子中，有4人在8歲以前早卒。清朝皇女平均壽命22.87歲。順治皇女的平均壽命10.17歲。6位皇女中，只有庶妃楊氏所生第二女長成下嫁，受封和碩恭愨長公主。其他5人在8歲以前早卒。
順治早婚早育。他的14個子女，全部出生在10年(順治八年14歲至十八年24歲)之內；其中6個女兒，出生在5年(順治九年15歲至十四年20歲)之內。
我們將清朝前期8位皇帝分做四組，即第一組努爾哈赤與皇太極父子，第二組順治與康熙父子，第三組雍正與乾隆父子，第四組嘉慶帝與道光帝父子。如果以順治的生育情況為參照，將四對父子首次生育后十年內的生育狀況及其子女存活率做一對比，便可看出：四組中，只有第二組(順治、康熙帝父子)首次生育年齡最低(均為14歲)，平均每年生育次數最高(分別為1.4次、1.5次)，子女存活率最低(分別為36%，33%)。
努爾哈赤、皇太極、雍正、乾隆、嘉慶、道光，都是在步入青年(17歲)以后，方有生育行為，子女成活率相對較高。他們所處環境各有不同，卻有一點相一致：在首次生育后的10年內，6人尚未即帝(汗)位(乾隆帝略有不同)，其生育行為都相對比較節制。順治、康熙父子雖是少年，已在帝位，對他們構成威脅的宗室(如攝政王多爾袞)、權臣(如輔臣鰲拜)均已無存。至高無上的地位和權力，宮女、太監陪伴身邊的宮廷氛圍，為他們過早的生育行為提供了便利，結果也導致所育子女成活率很低。
幾點思考
去世前一年，眾臣奏請為其畫像，遭到順治拒絕。他說：“今邊烽未熄，四海瘡痍未起。朕無德而功不逮，生民如此，乃寫形傳世，徒貽臣民羞，故不欲也。”總體來說，順治具有憂患意識，勵精圖志治理國家。但是，他的后宮生活是個悲劇，并因此縮短了他的生命歷程，使他無法大展宏圖。缺少一位封建君主在治家中應具備的能力、策略和心胸，沒有處理好后宮成員之間復雜多變的利益關系是主要原因。