面對日本帶來的戰爭威脅，帝黨主戰，后黨主和，帝后兩黨演變為主戰派和主和派，帝后兩黨的矛盾沖突日趨公開和尖銳。光緒帝和以他為首的主戰派，為了積極地推行備戰抗敵的方針，對以慈禧為首的主和派進行了堅決地抵制和斗爭。由于光緒帝公開主戰，使得朝廷上下激起了一股衛國抗敵的主戰波瀾。光緒二十年七月初一(1894年8月1日)，清政府發布了基本體現主戰派的對日宣戰上諭，正式對日宣戰。
但是在平壤失陷、黃海重創后，日本取得了陸海兩方面的戰爭主動權。相反，中國的抗戰卻陷入了被動的地位。這時，以慈禧太后為首的主和派占了上風。
由于光緒帝在戰和問題上態度鮮明，公開拒絕與主和派合流。慈禧便采取了殺雞做猴的手法，企圖以此來脅迫光緒帝和削弱主戰派勢力。
慈禧借口珍妃“賣官”事宜，先是用后宮的“家法”，將珍妃當眾杖責，并將其和瑾妃降為貴人，將光緒帝及珍妃身邊“涉案”的太監或殺或充軍，死者達60余人。更嚴重的是，不準二妃在平時向光緒帝呈送物品，企圖切斷他們之間的感情紐帶。然后明旨給皇后，授意她打探光緒帝與嬪妃的一切事宜，并隨時上報。
從表面上看，慈禧懲處珍妃，是為了維護大清的祖制家法，冠冕堂皇，實際上是“后黨”對“帝黨”的一次反撲和嚴厲打擊，是皇權斗爭中的插曲。“帝黨”遭到這次打擊后，元氣大傷。
3.馬關條約
威海衛保衛戰的瓦解和北洋水師的全軍覆滅，使得清政府在戰略上遭到沉重打擊。以慈禧為首的主和派完全陷于失敗主義的泥潭中，認為只有屈從日本，才能保住自己的地位。
光緒二十一年二月初九(1895年3月5日)，慈禧派李鴻章作為全權代表赴日談判，三月二十三日(4月17日)李鴻章代表清政府簽訂了中日《馬關條約》。
《馬關條約》的主要內容是中國要把遼東半島和臺灣全島及所有附屬各島嶼包括澎湖列島割讓給日本，賠償日本軍費白銀二億兩，添設湖北沙市、四川重慶、江蘇蘇州、浙江杭州為通商口岸。還規定日本人在各通商口岸可以自由從事工藝制造，并可以將各種機器自由裝運進口，日本在中國制造的貨物與進口貨物享受一樣優待的權利。最后一條對當時的日本來說并不是太現實的需要，但是根據列強利益均沾的原則，歐美資本主義國家可借這一條款，進一步拓展他們在中國的投資，對其極為有利。這個條約表明外國資本主義對中國的侵略已開始進入帝國主義階段，大大加深了中國的半殖民地化和民族危機。
經李鴻章草簽的《馬關條約》以最快的速度送到北京，消息傳開，在全國引起了強烈反響，要求廢約的呼聲高漲。在京參加科舉的各省舉人1300多人公推康有為執筆上書光緒，反對簽約，提出改革政治，建議以賠款為戰費，遷都再戰，這就是歷史上有名的“公車上書”。公車上書是近代中國知識分子沖破禁制，第一次參加反對帝國主義的群眾性運動。臺灣人民得知臺灣被割讓，痛哭流涕，堅決反對。他們紛紛組織義民軍，推舉臺南守將劉永福任軍統，共同抗日。臺灣軍民在極度困難的條件下仍然堅持戰斗。最后，義軍大部分戰死。臺灣軍民4個多月的抗戰，給了日軍以沉重打擊，殺傷敵人3萬多。在這以后漫長的半個世紀中，臺灣人民反抗日本侵略的斗爭始終沒有停止過。愛國詩人丘逢甲于1896年所作的《春愁》反映了臺灣人民的悲憤之情：
春愁難遣強看山，
往事驚心淚欲潸。
四百萬人同一哭，
去年今日割臺灣。
《馬關條約》割地面積之大、賠款之多大大超過了當年的《南京條約》，引起了白鴉片戰爭以來清朝統治集團內部的最大震驚和痛心，連在疆臣中很有影響的洋務派頭面人物劉坤一和張之洞也激起愛國良知，上書朝廷要求廢約再戰。