1999年12月30日，警方在澤普縣波斯喀木鄉查獲一恐怖分子設在地下的制造爆炸物的窩點，繳獲一批等制造工具、圖紙以及已制成的手雷等。
2000年2月25日，警方在莎車縣卡瓊鄉三村抓獲7名“東突”恐怖分子，并在一恐怖分子家里的地道繳獲手雷38枚，電雷管22枚，爆炸裝置18個，炸藥17千克，拉火管20多個。
2001年8月，警方在庫車縣烏尊鄉色根蘇蓋提村一恐怖分子家中的地道發現制造武器彈藥的各種設備，并繳獲了61枚爆炸裝置。
境外的“東突”恐怖分子還走私偷運武器入境，以武裝境內的“東突”恐怖分子。1998年4月6日，在霍爾果斯口岸海關與邊檢部門就在羊毛集裝箱中查獲軍用手槍6支、折疊沖鋒槍1支、子彈1.9萬發、手雷90余枚。據抓獲的罪犯供認，他們是受境外“東突國際委員會”和“東突解放組織”的指派，在此前已有過17次偷運武器彈藥入境。
大量血的事實證明，“東突”分裂組織為了達到分裂祖國的目的，所采取的恐怖暴力手段，以極其殘忍的手法濫殺無辜，無論從什么角度看都是名副其實的恐怖組織。
中國政府的態度
長期以來，特別是20世紀90年代以來，在中國境內外的“東突”分裂組織為實現其建立所謂“東突厥斯坦國”的目的，策劃、組織和實施了在中國新疆和有關國家的一系列爆炸、暗殺、縱火、投毒、襲擊等恐怖暴力事件，嚴重危害了中國各族人民群眾的生命財產安全和社會穩定，并對有關國家地區的安全與穩定構成了嚴重威脅。
中國政府絕不會對“東突”恐怖活動坐視不理。2001年10月11日，中國外交部發言人孫玉璽在新聞發布會上，首次提及“東突”分子的恐怖活動。孫玉璽透露，中國政府已有確鑿的證據證明“東突”分子參與了恐怖主義活動，他們與國際恐怖組織相互勾結，在中國境內和境外制造了多起爆炸、暗殺、投毒、綁架和搶劫等暴力恐怖事件，造成大量無辜平民的死傷和財產損失，這些恐怖活動在中國廣大民眾當中引起了公憤。不僅對中國，而且對整個地區的安全與穩定構成了威脅，中國將同國際社會一道共同反對包括“東突”恐怖勢力在內的一切恐怖主義活動，以維護地區和世界的和平與安定。中國政府表示嚴厲打擊恐怖主義活動這一社會公害，不應有雙重標準。
2001年10月19日，歐洲議會不顧中方的多次嚴正交涉，允許“東突”分子在議會大廈內舉行有關“東突”研討會，公然為其提供活動的場所，中方對此表示強烈不滿和憤慨。在國際社會加強反恐怖合作的情況下，“東突”企圖改頭換面，以人權、民主、維護少數民族權利掩蓋其恐怖組織的本質，繼續從事分裂中國的活動。無論其手法如何變化，其恐怖組織的性質是改變不了的。
2001年10月在上海舉行的APEC會議上，中方與到會各國就反恐問題達成共識，對“東突”恐怖組織予以譴責。APEC會議結束后，中國根據中美峰會達成的共識與美國開展情報交流，并將為進入阿富汗的美軍提供后勤援助。必要時，解放軍的特種部隊也將對流竄于中阿邊境的塔利班及“東突”恐怖分子進行打擊。中國和美國的反恐合作，意味著中國將打擊“東突”恐怖主義活動納入到國際反恐斗爭大潮之中。這是打擊“東突”恐怖分子的歷史轉機。
10月24日，據中新社報道，中共新疆維吾爾自治區委書記王樂泉在中共新疆維吾爾自治區第六次代表大會上稱，新疆將加大“嚴打”斗爭力度，對民族恐怖勢力始終保持“嚴打高壓”態勢。對民族分裂主義骨干分子、宗教極端勢力為首分子和暴力恐怖犯罪分子進行堅決有力的打擊，確保新疆長期穩定和發展。