慈禧不敢怠慢，一面吩咐御醫全力診治，一面依照祖上傳下的規矩，謹慎照做，唯恐出現疏忽和紕漏，對兒子闖過天花這一關不利。
首先，供送痘神。慈禧命令將同治帝發病以來就供奉的痘神娘娘迎供到養心殿來，宮內到處鋪上紅地毯、紅對聯，營造出一片喜氣，期望痘神娘娘早點將撒下的天花收回。供奉三天以后，又舉行了隆重的儀式，恭送痘神娘娘于大清門外，用紙扎的龍船、金銀玉帛舉火焚燒，使痘神娘娘在飛騰的烈焰中升天而去，希望由此帶走同治帝滿身的水痘，平安渡過劫難。
其次，祈求祖先神靈。慈禧和慈安一起到供奉祖先的景山壽皇殿——這里從乾隆時期規定作為奉祀“神御”的殿堂，祈求祖先神靈賜福，保佑兒子平安無事。
此后，同治帝不斷出現痘粒，并開始收漿結痂脫落，似乎一切正朝著慈禧期盼的方向發展。然而，十一月二十日以后，同治帝病情突然惡化，他開始出現毒瘡，而且毒瘡在腰部潰爛如洞，流膿不斷，疼痛不止，面頰腫硬，口噴臭氣。“濕毒流聚腰間，紅腫潰破流膿水。……痘后余毒濕盛”。之后，雖然“痘痂俱落，而腰間潰孔，左右臀部潰孔……”
同治十三年十二月初五日酉刻，同治帝“六脈已絕”，病逝于養心殿東暖閣。母親慈禧失去了自己的兒子。
在中國封建社會的等級觀念中，依慈禧的身份、地位，理應稍遜慈安一籌，在陵寢規制上也會有所體現，這樣才能體現等級差別。然而，鑒于慈禧的特殊身份，本來設計的陵墓無論在規制與質量上都與慈安難分伯仲，她本應心滿意足。但是，慈禧并不滿足，無限膨脹的自大心理與無法遏制的貪欲，使她不能甘心于與慈安比肩。既然在葬位的選擇上必須屈于慈安之后，就要在陵寢的建筑與裝飾上超過慈安，以顯示她的與眾不同。
慈禧陵的重修工程歷時十三年，直到她死前才告結束。重建后的隆恩殿與東西配殿，在建筑材料的貴重、工藝的精湛、裝飾的奢華等方面均居于清朝皇后陵寢的首位。即使是與清朝皇陵相比，某些皇陵也要比她遜色很多。她的隨葬品之奢華也令人瞠目結舌，嘆為觀止。慈禧的隨葬品分為兩部分：生前置放于墓中金井里的珍寶與下葬時的隨葬珍品。
據清宮檔案《大行太皇太后升遐紀事檔》記載，慈禧生前先后向金井中放了六批珍寶。而下葬時隨葬的珍寶究竟有多少？他的心腹太監李蓮英親自參加了慈禧棺中葬寶的儀式。據他和侄子所著的《愛月軒筆記》記載：慈禧尸體入棺前，先在棺底鋪三層金絲串珠錦褥和一層珍珠，共厚一尺。頭部上首為翠荷葉；腳下置粉紅碧璽蓮花。頭戴珍珠鳳冠，冠上最大一顆珍珠大如雞卵，價值一千萬兩白銀。身旁放金、寶石、玉、翠雕佛爺二十七尊。
腳下兩邊各放翡翠西瓜、甜瓜、白菜，還有寶石制成的桃、李、杏、棗二百多枚。身左放玉石蓮花，身右放玉雕珊瑚樹。另外，玉石駿馬八尊，玉石十八羅漢，共計七百多件。安葬完畢，又倒入四升珍珠，寶石二千二百塊填棺。而按“內務府簿冊”載，殮入棺中的珠寶玉器無論在數量和種類上都極為驚人，幾乎是一個“珠寶玉器大全”。
由于在她死后十九年，她的“萬年吉地”被軍閥孫殿英炸開，不但尸骨盡遭暴露、羞辱，隨葬的奇珍異寶也被洗劫一空。享盡人間榮華富貴的“老佛爺”，只留下孤獨的荒冢任后人評說。
女人慈禧幸與不幸
作為一個女人，慈禧既是幸運的，又是不幸的。
她的幸運在于她獲得了那個時代女人難以得到的地位。慈禧并非出身于世代簪纓、鐘鳴鼎食的顯貴之家，她不過是當時一個中級旗籍官員的女兒。若不是在她十七歲的時候憑著選秀的偶然機遇，進入紫禁城，從而為她搭建了扭轉乾坤的政治平臺，她的命運與千千萬萬普通女孩子又能有多大差別？慈禧靠著一步步的鉆營，從貴人到嬪，又靠著幸運地生下了咸豐帝惟一的皇子，從而“母以子貴”，被晉封為妃、貴妃，直到皇太后，并藉此“垂簾聽政”四十七年。