從全年看，回報落后的基金，一是多數為早期成立的開放式基金受契約20%國債的限制，使得股票倉位上限一般為75%；二是在組合上，或者以中小盤股票為主，或者在投資側重某些行業例如公用事業等，而受行業表現落后的拖累。
從公司看，上投摩根、景順、易方達(易方達新聞,易方達說吧)、富國、廣發旗下股票型基金業績相對居前，嘉實則在下半年提升明顯。
34只可比的積極配置型基金中，有16只基金回報超過100%，除個別基金外，絕大多數都戰勝了業績基準（晨星大盤指數與中國債券總指數復合）。業績居前的基金，多數股票倉位較高；落后的基金，多數股票倉位較低，且規模較小。四季度回報領先的基金多數是年內成立的新基金。幾只貳號基金表現不錯，百億基金也頗佳。高比例分紅的基金則在當季表現落后，根據統計，四季度部分基金高分紅對回報的負面影響約在5個百分點左右。
6只保守配置型基金中，國投瑞銀融華債券和南方寶元債券遙遙領先，回報超過50%，較高的股票倉位是主要原因。而值得關注的是，銀河銀聯收益債券比例保持在70%以上，權益類比重不斷降低。
債券型基金業績差異大
普通債券基金中，10只老基金回報差異較大，高、中、低呈現3：4：3格局；在風險特征上，也呈現由高到低相應的匹配。
長盛中信全債、富國天利增長和嘉實債券回報率均在27%以上，權益類投資是其回報領先的重要原因。其中長盛中信全債得益于可以直接從二級市場買股票，加上新股申購，在牛市里輕松跑贏同類，回報高達32.69%。富國天利增長上半年股票倉位顯示較高主要是受股改的轉債轉股停牌和增發 限售股泰豪科技增發的影響，而下半年股票投資明顯降低，更多依靠轉債投資增加收益。嘉實債券上半年收益主要來源于雅戈轉債轉股在復牌后帶來的巨大回報，下半年盡管加長純債組合久期從而分享了當期長債的良好回報，但組合收益更多是來自積極參與新股認購也獲得額外收益，在可轉債上則配置較少。
而回報和風險居中的四只基金主要是依靠轉債投資增加收益，股票投資較少。回報和風險較低的三只基金三季度組合久期較短而錯過長債行情似乎是共同點，在權益類投資（股票/轉債）上則態度不同。
短債基金中，多數基金回報平穩且差異不大，而南方多利中短債由于操作激進、持有較多的交易所國債而顯得特立獨行。此外，個別基金在運作過程中產生的問題使得短債基金的流動性管理與風險控制在2006年倍受市場關注。
保本基金平均收益35.44%，各保本基金借股市走好增加股票資產的比重，從而也都獲得17%以上的收益率。其中南方避險增值一只凈值上漲超過80%，其中四季度收益率達到34.83%，一是與其重點配置金融地產、重倉股表現突出有關，二來也與其成立時間長有關。
貨幣市場基金年度平均收益為1.89%，較2005年度有明顯降低。由于再融資啟動后對資金的分流以及央行控制快速增長的信貸意圖給貨幣市場基金帶來短期負面影響，尤其是一些原來流動性風險相對較大的基金在規模變動較大時問題就暴露出來。