“‘修舊如舊’在西方是一個常用的方法，但是在中國可能概念被偷換了。在中國要修古建的時候，經常是把老的東西全拆了，按照原來的樣子，用新的材料恢復，他們把這叫做‘修舊如舊’。但我們不這么認為。歐美保護文物是這樣的，比如說希臘的神殿，破就破，不會按照過去神殿的樣子再補回去，我們也是這樣的理念。” 在智珠寺的北面，是與之共同列入同一個“文物保護單位”的嵩祝寺。嵩祝寺采用的就是林凡所說的另一種方法：全部推倒，用新材料重建。我們看到的嵩祝寺，周身被五顏六色的油彩包裹，煥然一新，已經改造成另一個私人會所。
有人把智珠寺的修繕稱為“極端忠實于原貌”的修繕方法：并非憑空重造一個建筑，而是把一座 600 年歷史的寺廟該有的真實面貌展示給世人看。林凡說：“這個院子在這塊地上已經存在了 600 年了，600 年間發生的所有事情都應該被記錄下來，將來我們對別人說起的時候，不應該說‘這地方曾經有什么，現在沒有了，我們拆掉了’。我們覺得，應該盡可能地保護每段時期有特色的東西，有拆也有留。”
這種方法意味著必須耗費大量的人力、物力和財力。 2007 年，東景緣團隊開始接手項目時，整座智珠寺除了寶頂以外，其他部分都被水泥墻壁、棚戶等搭建物遮蓋。東景緣請來的施工隊是在北京市文物局注冊的專業古建筑施工隊，他們采用的辦法是，“先挪出瓦礫、露出柱身，再一個一個橫梁、有時甚至是一塊塊磚地展開修復工作”。
腳下看似古舊的磚石下面，其實安裝了地暖。每一塊磚瓦、每一根柱子都是小心翼翼地拆下來，全部一一編號，幾千個編完號的磚瓦和木頭堆放在庫房中。東景緣的工程經理李海龍解釋說：“古建修繕所用的材料與當代建筑的材料是不一樣的。當代建筑會用鋼筋水泥，之后若是拆了，拆下來的東西就都是垃圾了，不能再重復利用。而古建，不管是木結構還是磚結構，不管是新造或是修繕，若干年后可以拆掉，然后再按照這個樣子來做。”
拆卸過程中發生損壞的，或是本來就已經損壞的磚瓦，則用完整的或是找相類似的磚瓦代替，并且通過做舊的方法來達到原來的效果，避免突兀。木結構也是如此，即使是從古建市場采購木材，首選的也是老舊木材，新木頭則要先做舊，再與原來的木頭相接，保留質感。“現在你看到的院子里的古建筑部分， 60% 的材料都是原來的，那些實在是不能用的，我們才替換成新的。”林凡在采訪中提到。
舊磚瓦和舊木材必須根據編號歸回原位，決不允許調換位置，即使是看似一模一樣的卯榫結構亦是如此。雖然外觀似乎沒有差別，但是它們的連接之處卻是不盡相同的，調換了位置就連接不了。據介紹，整個工程共清出了 200 卡車瓦礫，調換了 71 根木柱，整修了 1400 平方米棚頂。整修工作共修復了 43000 塊棚頂瓦片，對一個小小的寺廟而言，工程足可謂浩大。
修繕還將持續20年
修繕過程中難度最高、耗時最久的要屬大殿的修復。
1961 年的火災導致大殿的屋頂幾乎被燒毀。因此，施工隊將牡丹電視機廠時期建造的假平頂卸下的時候，屋頂一片狼藉。這些燒毀的木結構并沒有圖紙參照，施工隊只能把那些依稀還看得出模樣的榫頭帶回工廠，照著樣子重新制作。
卸下假平頂以后，塵封了幾十年的精致木板顯露出來，木板上的梵文畫作依稀可見。但是由于年代久遠，畫表面已經形成了一層厚厚的油脂、灰塵，而且破損比較嚴重。東景緣團隊請來了畫家湯國和古畫修復、裱畫師許平幫忙修復。