清理戰時文物損失委員會成立后，在陳訓慈先生的實際主持下，各地代表和工作人員滿懷愛國熱情，克服重重困難，認真清查文物損失情況。但日寇對中國文物的破壞、掠奪實在太嚴重了，要完整、詳盡地調查文物的損失情況，幾乎是不可能的。經過非常艱苦的努力，到1946年底1947年初，清理戰時文物損失委員會統計得出在1937至1945年間中國各地被日軍劫掠和毀壞歷史古跡741處，書畫類15000多件，古器物類16000多件，碑帖類9300多件，珍稀書籍類300萬冊，雜件類60多萬件，并將此統計結果上報教育部和國民政府。
清理戰時文物損失委員會同時還承擔追回被劫掠文物以及接收敵偽圖書文物的任務。比如徐森玉先生先后接收上海敵偽圖書124箱51666冊、南京敵偽圖書69箱34525冊，運送重慶羅斯福圖書館收藏，其中珍本、善本圖書605種9873冊。比如王世襄先生，在被馬衡和梁思成先生推薦為平津區助理代表后，因英文底子好，還承擔了《戰時文物損失報告表》的中英文校對工作。他在北平、天津先后沒收了德國人楊寧史所藏青銅器，收購了收藏家郭葆昌所藏瓷器，追回美軍少尉非法接收的日本人瓷器，收購長春存素堂的宋至清代絲繡，接收溥儀留存天津張園的珍貴文物，收回海關移交的德孚洋行一批珍貴文物等等。他在《回憶抗戰勝利后平津地區文物清理工作》一文中說：“自公元一九四五年日寇投降后，奔走調查，收回被劫奪重要文物、善本圖書二三千件，其中不乏國之重寶，由故宮博物院等機構接受保管，當屬我一生最重要的工作之一。”
1946年底，因英文好，又精通文物，王先生又加入中國政府代表團第四組，赴日進行戰犯審判、戰爭索賠等談判，主要負責調查、交涉、追還被日寇掠奪的中國文物事宜。1947年，歷經千辛萬苦，王世襄先生從日本帝國大學等處追回了被劫奪的原中央圖書館、寄存在香港馮平山圖書館的珍善本古籍一百零六箱，其中有大量宋元版善本，并只身將其運回上海，經謝辰生先生等接收后由鄭振鐸先生轉給設在南京的中央圖書館。這批珍善本古籍是抗戰爆發后，為搶救淪陷區一些著名藏書家舊藏散失在市場上的珍貴善本古籍，當時留在上海的鄭振鐸、張菊生、張壽鏞、何炳松、張鳳舉等聯名電請重慶國民政府進行搶救收購。不久即收到陳立夫、朱家驊復電同意，并決定動用中英庚款原定用于修建中央圖書館的專款，作為購書經費，當即由他們五人組成“文獻保存同志會”專門辦理此事。當時還決定所購善本古籍，將陸續經由香港轉運重慶保存，但是除第一批有80余種宋元善本由徐森玉帶走經由香港送往重慶外，其余3000多種運抵香港不久，太平洋戰爭爆發，香港淪陷，這批珍善本古籍落入日軍之手，被劫往東京。王世襄先生從日本追回的這批珍貴古籍，1949年在國民黨潰敗時被帶往臺灣，是現在臺灣“中央圖書館”珍善本古籍的主體，而剩余部分則留在了現在的南京圖書館。
當王世襄先生在日本奮力追索被劫中國文物的時候，徐森玉、顧廷龍、謝辰生先生等則在上海傾注巨大心力，歷時9個月，編纂完成《中國甲午以后流入日本之文物目錄》。這個編纂工作既是清理戰時文物損失調查的往前延伸，也是為中國政府向日本開展戰爭賠償作準備的一個組成部分。正如顧廷龍先生在《跋》中指出的，清理戰時文物損失委員會“曾請外交部向遠東顧問委員會及盟軍駐日總部提出《追償我國文物意見書》一種，其中主要要求為：自甲午以來，凡為日本掠奪或未經我政府許可擅自發掘之一切文物，均須由日本交還。該會深感在甲午以后，我國文物為日本巧取掠奪者，為數甚伙。此次辦理賠償，自亦應不以民國二十六年后之戰時損失為限。而在此期間，凡為日本破壞或因日本軍事行動損失之文物，則必須責令以同類或同等價值之實物賠償，故除編制《戰時文物損失目錄》外，復編《甲午以后流入日本之文物目錄》，以為交涉之依據”。因此這份《目錄》的編制在當時除了外交上的價值之外，在學術和民族情感上具有更為重要的價值。