1960年，28歲的王玉琴加入中國共產黨，在當時的文藝界引起不小的轟動。她以精益求精的演藝，謙虛上進的學風，厚道本分的人品，得到廣大群眾和組織的好評，隨后被選派到北京學習，得到了梅蘭芳、周信芳等京劇名流的言傳身教，思想和藝術上實現了一次從量變到質變的飛躍。
北京歸來，著名導演陳尚華以京劇《楊門女將》為藍本，結合秦腔的表演特點和王玉琴的唱腔特點，精心打造了秦腔《楊門女將》。三十出頭的王玉琴在導演的指導下，用心揣摩劇情，潛心研究人物，仔細觀察生活，拄著拐杖學步，第一個把《楊門女將》搬上秦腔舞臺。她塑造的佘太君，既是老旦的正旦演法，又是正旦的武旦臺步，將老旦、正旦、武旦的表演技法融為一體。在刻畫人物方面，她能夠準確把握劇情，充分運用秦腔唱、念、做、打等藝術手段，善于發揮其感情色彩強烈的大段唱腔，將人物塑造得大氣磅礴、大義凜然，使這個德高望重的古代女英雄的形象更加鮮明突出，幾十年常演不衰，成為自己的代表劇目。此后的幾十年里，她一邊演出，一邊完善，終于讓《楊門女將》成為秦腔戲中的特色品牌。
從四十年代的《白蛇傳》《奪錦樓》，到五十年代的《白玉樓》《三娘教子》，再到六十年代的《楊門女將》《白溝議和》，王玉琴實現了從小旦到老旦的自然過渡；從《西廂記》《拾玉鐲》到《黨的女兒》《八一風暴》《蘆蕩火種》，她完成了從傳統戲到現代戲的跨越，成了文武不擋、旦角全能的著名演員。
劫后余生 老樹新花
文化大革命開始后，作為舊藝人，王玉琴也飽受造反派的打擊和折磨，被冠以種種罪名戴高帽子、批斗游行。自己受辱不要緊，她害怕給黨和國家領導人抹黑，就悄悄地銷毀了與毛澤東、周恩來等黨和國家領導人的合影，也沒有保存與梅蘭芳、周信芳的珍貴的交往資料。作為一名優秀的共產黨員和杰出的戲劇藝術家，她始終懷著對黨組織的無限感激，懷著對人民群眾的滿腔熱忱，堅強地工作，坦蕩地做人。十年浩劫，進一步磨練了她堅毅勇敢的個性和自強不息的品德。
1981年11月，經過全面挑選和慎重研究，49歲的王玉琴隨西安秦腔友好訪問團赴日本演出《柜中緣》。她所演的許錢氏，改變了以往的青衣褶子，而是換成淡藍色，讓觀眾在視覺上得到美感。表演大方自然，明了歡快，受到京都、奈良觀眾的好評。所演《游西湖》中的金娘，雖為配角，同樣得到觀眾的嘖嘖贊嘆，為加強國際文化交流作出了貢獻。
1982年9月，她帶著新編古代戲《金麒麟》赴華北各地演出。劇中崔母這一角色，既不同于《白玉樓》的溫文爾雅，也不同于《三娘教子》的苦口婆心，而是一種全新的人物，特別是前后兩場，由于人物的悲情遭遇，一個賢良的母親變成一個絕望的老人，她把握得非常到位。“哭兒”一場戲中，哀婉的哭訴，凄慘的哭喊，把一個飽受骨肉分離失子之痛的絕望老人表現得淋漓盡致。國家領導人習仲勛、汪峰等在全國政協禮堂觀看了演出，給予充分的肯定和贊揚，并合影留念。
80年代的王玉琴，年過半百，主要以青衣老旦戲為主。經過數十年的積累和摸索，她逐漸掌握了秦腔老旦的發音特色和表演程式，形成了樸實無華、高亢剛直、滿宮滿調、沙甜醇厚的滿口腔藝術特色。陳尚華根據王玉琴的嗓音特點，為她錄制了新編大型傳統戲《楊門女將》。經過二十多年的錘煉，這部戲日趨完美。在錄制時，由于常年堅持下鄉演出，又經歷60年代的生活困難以及文革中的打擊折磨，她的身體極度虛弱，血色素竟達0克，無數次昏厥在節目現場，但她仍加班排練，終于使這部千錘百煉的作品流傳于世。中國藝術研究處、陜西電視臺、陜西人民廣播電臺等媒體也為她錄制了以正旦戲為主的《三娘教子》《五典坡》等劇目。1988年，王玉琴榮獲陜西省百名秦腔藝人電視大賽第一名。