譚棲偉分管三峽移民工作這幾年，不斷有媒體曝光稱，移民安置工作存在重大問題和資金缺口。在2010年全國(guó)“兩會(huì)”期間，他曾回應(yīng)說，三峽移民安置不存在資金缺口。其建議中央加大財(cái)政轉(zhuǎn)移支付力度，解決三峽后續(xù)工作出現(xiàn)的新問題。
不過，2013年6月，審計(jì)署發(fā)布的“三峽工程竣工財(cái)務(wù)決算草案審計(jì)結(jié)果”顯示，移民資金被擠占挪用等涉及金額2.79億元，有217個(gè)工程項(xiàng)目和科研項(xiàng)目未按規(guī)定進(jìn)行招標(biāo)，涉及金額9.82億元；161個(gè)工程項(xiàng)目被違規(guī)轉(zhuǎn)分包，涉及金額1.45億元。(新華網(wǎng))