隨著黃金72小時救援時間的結束，災區的救援重點將從救人逐步轉移到重建。但災后還有很多問題需要防范，不能掉以輕心。一方面，頻繁發生的余震和已經在部分地區出現的降雨極易導致次生災害，另一方面，雨后濕潤的環境易造成細菌滋生傳播，再加上生活衛生設施毀壞嚴重、人畜尸體腐爛等原因，科學防疫工作迫在眉睫。同時，地震給人們帶來的心理創傷也不能忽視，應及時進行心理干預。
防范次生災害
山體滑坡與塌方
蘆山縣、寶興縣一帶的地質地貌條件和汶川一樣，很容易發生山體滑坡和塌方等地質災害，而且目前已經發生了。中科院科技救災專家組對蘆山縣太平鎮、寶盛鄉、龍門鄉等三個鄉鎮的調查顯示，三個鄉鎮共出現新滑坡、崩塌點1200余處。由地震引起的地面滑坡、崩塌現象較為突出，在余震影響下滾石、崩塌等險情會造成山區道路時常中斷，給震后應急搶險造成困難。
泥石流
如果出現大的降水，則可能在滑坡或塌方的基礎上出現泥石流，即大量雨水伴隨著土石從山上泄下來。
堰塞湖
20日，地震致蘆山縣寶盛鄉玉溪河一帶形成一個堰塞湖。阻塞形成堰塞湖的土石方，土質很松軟，很可能發生劇烈的垮塌，這樣下游的居民就很危險。目前玉溪河堰塞湖已排空，險情解除。
水庫潰壩
地震致雅安市5座水庫的壩體出現裂縫，一旦發生水庫潰壩，很多村鎮會被水淹沒。21日，5座出險小型水庫已采取降低庫水位、疏散下游群眾等應急措施，險情得到控制。
防疫防病要點
確保食品安全
災區群眾要防止病從口入，勤洗手，喝開水，不吃生食、冷食和過夜的食物，對從廢墟中“搶救”出的食物，切記煮熟煮透。
選擇可靠水源
災區選擇水源的順序是井水、河水、湖水、塘水。水井周圍30米范圍內，不能設置廁所、糞坑、垃圾堆，不能掩埋尸體。供飲用的河水水段應插上明顯的標志。飲用水塘不能洗衣、洗菜、飲牲畜。
注意防蟲防鼠
集中堆放廢棄物垃圾，不隨意丟棄；做好防蚊蟲叮咬等措施；野外住宿時，應選擇地勢高和干燥的地方搭建工棚或帳篷，周圍挖防鼠溝；保證臨時搭建房和安置帳篷內空氣流通，在可能的條件下，勤換衣物、勤晾被褥。
謹慎搭建廁所
震后管好糞便是突出問題。臨時廁所、垃圾堆應選在飲用水源的下游。建臨時垃圾坑及污水坑，要定期噴灑殺蟲劑。
注意個人衛生
注意手部清潔，不用臟手揉眼睛。盡量勤洗澡、勤換衣。毛巾、臉盆、手帕單用，如不得已與病人共用，則健康人先用，病人后用，用完消毒洗凈。照顧病人后，及時做好個人清潔。
政府應迅速安排防疫
政府相關部門要迅速安排專門衛生防疫力量，及時對災區水源進行監測消毒，加強食品和飲用水衛生監測，妥善處理遇難者遺體，做好死亡動物、醫療廢棄物、生活垃圾等的消毒和無害化處理，安置點配置凈化水設備、殺菌消毒工具等。
震后心理干預
震后救災和重建工作需充分考慮民眾心理，避免出現無效甚至有害的干預行為。
政府的支持性信息，特別是通過電視、網絡、廣播等媒體傳遞的災情信息、援助信息、物質信息、政策信息，是恢復民眾安全感的關鍵。
通過對災民的心理健康知識普及以減少未來心理創傷發病率。