第二，一些改革正在推進，但還未完全落實到位。比如由公共財政預算、國有資本經營預算、政府性基金預算和社會保障預算有機銜接的政府預算體系還未建立。從而出現國有資本收益等等財政收入不能及時繳庫、“收支兩條線”制度不嚴格執行、社保資金計劃管理不規范、專項資金不按規定用途使用的問題等。在現行財政體制，特別是縣鄉財政體制改革完善以前，財力主要集中在中省一級，加之不夠完善的轉移支付制度，中央財政有的專項資金和補貼到年底才下達；一些項目前期準備不足，項目庫管理不夠完備，在按項目進度撥款原則下，有時反復存在專項資金預算不能及時下達，支出完成比例低、進度不均衡，預算調整多等問題。
第三，制度滯后，脫離實際。比如招待費，其開支標準為當年單位預算中公務費的2%（即使各單位業務性質和工作特點不同），這是財政部1998年規定的；單位庫存現金和可使用現金支付額度，是在1988年定的5000元和1000元（大部分行政事業單位）；差旅費標準是2007年定的；1999年確定的機關辦公用房人均面積等標準也考慮目前電子政務和信息化建設需要等等。類似這些標準的沒有隨著時間和推移、社會經濟的發展、業務量加大和物價指數的變動而作相應地調整，與實際情況差異較大，執行起來有難度。所以經常或反復出現招待費、差旅費等一些支出項目超標準，建筑超面積，庫存現金超額度、大額使用現金等問題。
第四，管理上漏洞較多。在改變會計集中統一核算后，各單位和部門原已撤銷的財務部門和專職財會人員，有的沒有恢復、有的缺乏專業技能和任職資格。在“金財工程”、“金稅工程”、“金工程”推進過程中，有的基層單位還是傳統手工核算，相互不能對接，給管理和監督造成困難。這也是造成屢查屢犯的原因。
第五，有的單位法制淡薄。他們以不裝個人腰包為底線，缺乏最起碼的財經法紀觀念和預算意識，粗放管理。加之前對一些問題缺乏具體可操作的處理依據，而且很難觸及個人，處罰力度有待加強。導致一些問題屢查屢犯，如工程超概預算、不按規定招投標、多報工程造價，不嚴格執行部門預算的問題，亂發資金補貼，不按規定繳納稅費的問題等。
第六，不同年份反映的是不同單位的問題。由于審計機關的人力和技術手段所限，省審計廳每年通過正常審計和組織部門單位開展審計自查和抽查的方式，對省級一級預算單位和預算執行、對各市區財政收支的審計只能覆蓋25%左右，政府投資項目也只能在重點項目中安排部分項目開展審計。對一個具體部門單位來說，可能要好幾年才能接受一次審計檢查，“報告”中許多連續多年反映的同樣問題，實現是發生在不同的被審計單位的，對某一個具體的單位來說不一定是屢查屢犯。
對這一問題，我們審計機關主要從以下3個方面來解決：
第一，提高審計信息化水平，加大審計監督力度。目前省審計廳以審計管理系統、現場審計實施系統、聯網審計系統三個審計應用系統為主體，加快推進審計工作信息化建設，為加大審計監督力度提供堅實的技術支撐，逐步擴大審計覆蓋面，實現對被審計對象的日常化、經常性審計。
第二，采取有效措施，促進被審計單位整改。我們將進一步完善審計整改跟蹤檢查制度，督促被審計單位建章立制，通過整改提高管理水平；建立審計整改報告制度；實行審計整改公告和通報制度，加強社會監督和輿論監督。目前，我廳代擬的《陜西省審計整改工作暫行辦法》已經上報省政府，將于近期印發，該辦法明確規定的被審計單位對審計查出問題的整改要求、考核和責任追究等內容。
第三，推進健全各單位的內審自查自糾制度。從2009年開始，我廳每年安排部分部門和單位進行內部審計自查，并進行重點審計抽查。四年來自查自糾的單位已有100多個。我們將進一步完善這個制度，并促進各個單位建全內部審計約束機制，自覺糾正存在問題。（西部網）